Ο ναός του Προφήτη Ηλία βρίσκεται στη θέση «Φρούδια» και έχει κτιστεί την περίοδο της Ενετοκρατίας.

Αρχικά είχε κτιστεί το μικρότερο νότιο κλίτος του Προφήτη Ελισσαίου.

Μέσα του 16 ου αιώνα προστέθηκε ένας μεγαλύτερος ναός αφού κατασκευάστηκε στον αρχικό βόρειο τοίχο.

Κατά την τελευταία επανάσταση (1897) στην περιοχή του Προφήτη Ηλία ιδρύθηκε Επαναστατικό Στρατόπεδο των Κρητών. Το πρωί της 9ης Φεβρουαρίου του 1897 είχαν αρχίσει οι επιθέσεις των τούρκων εναντίων των Χριστιανών της πόλεως αλλα καί γύρω από το επαναστατικό στρατόπεδο του Ακρωτηρίου. Κατά τον βομβαρδισμό του λόφου από τις Μεγάλες Δυνάμεις ο ναός καταστράφηκε και γι΄αυτό αργότερα μέ την μέριμνα του Τσάρου Νικολάου του Β' αποκαταστάθηκε.

Το 1897 από το σημείο αυτό οι Κρήτες επαναστάτες ύψωσαν την κρητική σημαία για να ζητήσουν ένωση με την Ελλάδα, ένα βόλι όμως από τον Ευρωπαϊκό στόλο κατέστρεψε το κοντάρι της σημαίας. Ένας Κρητικός τότε ύψωσε ξανά τη σημαία χρησιμοποιώντας αυτή τη φορά το σώμα του για κοντάρι ανάμεσα στις οβίδες των κανονιών του συμαχικού στόλου,Ο Σπυρίδων Καγιαλές.

Ο Ελευθέριος Βενιζέλος (1864-1936) ήταν ένας κρητικός πολιτικός που πολέμησε για την ανεξαρτησία της Κρήτης από τους Τούρκους και αργότερα για την ένωση της με την Ελλάδα. Διατέλεσε αρκετές φορές πρωθυπουργός της Ελλάδας και ήταν ένας από τους πιο σημαντικούς Έλληνες πολιτικούς μέχρι που οι μοναρχικοί απαίτησαν την παραίτησή του και τον οδήγησαν σε εξορία στο Παρίσι όπου και πέθανε το 1936.